位于(yú )东京西部(bù )的(✒)巨大“学园都市”。在总人口达230万人(🤴)，其(🎺)中约8成(chéng )(🆖)是学生的这座(zuò )(🔬)都市中(🐮)，实(shí )施着超(📿)能力开发的特殊(shū )课程(♑)，学(😎)生们(🖲)的(de )能力(🕔)被给予从(🤷)“无(🛍)能力(lì )Level 0”到“超能力(lì )Level 5”的六阶段评价。
　　高(gāo )中生上条(🧚)当麻，也是住(zhù )在学(⏯)园(😞)都市(shì )的学生(🦗)之一。他由于隐藏(cáng )在右(yòu )手中的力量——只要(yào )是异能之力，就(🎾)连神(shén )的加护都能消除(chú )的“幻(🕙)想杀手Imagine Breaker”，而被评价为(wéi )名落孙山的“无能力”，过着充(🏻)满不幸的人(rén )生。
　　(🐩)而上(shàng )条的(de )学生生活，由于(📧)暑假(jiǎ )开始(⏲)时从天而(💏)降(jiàng )的(🥤)纯白修女而(🥅)发生了巨(jù )(🔞)大的变化。自(🔙)从与(👄)逃离“魔法”世界的(de )(📞)她——(🚽)“禁书目录茵蒂克丝”相(🍺)遇开始(👚)，上条就被卷入了各种各样(🎴)的(de )(😉)事件中。统率(lǜ )学(xué )园都市(🧥)的“科学”方(fāng )、(🔍)与(yǔ )(🌲)茵蒂克丝(sī )关联(🖱)的(de )“魔法(fǎ )”方，在惊险地(🛃)解(jiě )决(jué )双方(🎞)事件的过程中，他(🍉)的人际关系也逐步(bù )(🏖)扩(kuò )展。之后(hòu )，魔法一方(fāng )的十字教最大宗派(🍗)罗马正教，终于注意到上条的存在(🌲)……。
　(🍂)　如同(📳)呼应(yīng )魔法方一(yī )般，科学方(fāng )的(de )学园都(🛫)市(📛)也有所动(dòng )作(🦀)。但也(🤙)有与逐渐开始对(duì )(🎛)立(lì )的世界动向抗争的人不断出现。那些通(tōng )过与上条有所关联，而(ér )使命运大为改(♿)变(🚞)的“英雄”们。
　　他们(🙋)挺(📩)身而出(💙)与(yǔ )世(📧)界对峙。如同上(🏥)条当(dāng )(📒)麻(má )做(zuò )(⏫)过的那样。
　　科学(xué )与魔法(🈲)第三次交织(zhī )之时，故事将大幅推进(🏺)！！